Axiom Eucalyptus Genotyping Array (Axiom Euc72K) es un componente de nuestra Axiom Genotyping Solution, en la que el ADN genómico diana se prepara y procesa en el instrumento multicanal GeneTitan. El proceso automatizado incluye la hibridación del ADNg con este microarreglo de alto rendimiento, seguido de tinción, lavado, obtención de imágenes y salida de datos de genotipado de SNP para su posterior análisis. La matriz de genotipado Axiom Eucalyptus fue diseñada en colaboración con los Dres. Dario Grattapaglia y Orzenil Bonfim Silva-Junior de EMBRAPA Genetic Resources and Biotechnology en Brasil como parte de la Eucalyptus SNP Array Initiative (ESAI). El objetivo de la ESAI era proporcionar a la comunidad una matriz mejorada de genotipado de menor densidad con una aplicabilidad más amplia y un costo significativamente menor para la selección genómica operativa.

Gato. Núm. 551134.

Contenido de Axiom Eucalyptus Genotyping Array (Axiom Euc72K):

• – Contiene 72.000 SNP.
• – Genomas de 240 árboles en 12 eucaliptos y una especie de Corymbia secuenciados a una cobertura de 3,5 veces a nivel de árbol individual para desarrollar una colección de 47 millones de variantes de SNP sin procesar.
• – Datos complementarios de secuenciación del genoma completo para dos especies de eucalipto subtropicales y Corymbia se utilizan para aumentar la cobertura de secuencia y la representación de la mejora de descubrimiento de SNP y selección.
• – Datos de la secuencia del cloroplasto genoma de ADN enteros utilizados para derivar un subconjunto de cpDNA SNPs.
• – Lista final de 1,3 millones de SNP seleccionados para el cribado en función de la cobertura física del genoma de Eucalyptus grandis versión 2.0 y cribados con 960 muestras que cubren la gran mayoría del germoplasma de eucalipto plantado en todo el mundo, incluidas 18 especies de eucalipto y 4 de Corymbia.
• – El cribado dio como resultado una base de datos de >780.000 SNP validados para eucalipto y 30.000 para Corymbia.
• 72.000 SNP seleccionados para una matriz de producción de alto rendimiento en función de la cobertura del genoma y el mejor compromiso para incluir el mayor número de SNP informativos para las especies de eucalipto ‘Nueve grandes’ y las periféricas examinadas, mientras se contemplan los SNP para una máxima portabilidad con Arreglo de genotipado previo de SNP de eucalipto.