Array Trigo

As matrizes de genotipagem Axiom Wheat HD foram projetadas através do programa de design especializado da Affymetrix em uma colaboração liderada pelo Dr. Keith Edwards, líder do projeto e professor de genômica funcional de cereais na Faculdade de Ciências Biológicas e membro do Instituto Cabot da Universidade de Bristol.
Este produto é parte de um conjunto de duas matrizes. A Array Plate B pode ser acessada em 550492 Axiom ™ Wheat HD Genotyping Arrays.
As matrizes foram projetadas através de um programa de pré-melhoramento do setor público dedicado a acelerar o melhoramento genético das variedades modernas de trigo.
Selecione um dos dois formatos:

  • – Axiom; Wheat HD Genotyping Array, uma ferramenta de pesquisa de alta densidade com 817.000 SNPs em um conjunto de dois arranjos no formato de placa de 96 arranjos
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  • – Axiom; Wheat Breeder’s Genotyping Array, que inclui 35.000 SNPs para linhas de trigo de elite em todo o mundo no formato de placa de 384 arranjos.
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Os marcadores nestas matrizes podem ser consultados no site do CerealsDB (http://www.cerealsdb.uk.net/). Esta é uma base de dados com capacidade de busca que foi criada pelo grupo de Genômica Funcional da Universidade de Bristol, Reino Unido, com o propósito de disponibilizar a informação de SNP à comunidade mundial do trigo.
É atualizada periodicamente e contém:

  • – Estatísticas de SNP: localização do mapa ou código contig, sequências flanqueadoras de 120 pb. A pontuação MAF e PIC são fornecidas para os SNPs na matriz de genotipagem Axiom Wheat Breeder
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  • – Comparação de variedades: selecione duas ou mais variedades de trigo para ver os SNPs em comum ou os SNPs que são diferentes entre eles