O Axiom Multispecies Shrimp and Tilapia Genotyping Array (Axiom TilShrv1) foi projetado em colaboração com João Campos e Jose Fernando Garcia da Trigene, Brasil, com apoio financeiro do PIPE-FAPESP. A matriz contém 60.886 SNPs de tilápia e 6.453 SNPs de camarão.

Conteúdo de camarões:

• Contém 6.453 SNPs de camarões
• Marcadores selecionados do genoma de L. vannamei a partir de um conjunto de dados de mais de 350.000 variantes putativas (1,2)

• Marcadores uniformemente espaçados

Conteúdo de tilápia:

• Contém 60.886 SNPs de tilápia
• Doze cepas diferentes de tilápia do Nilo desde amostras africanas selvagens até GIFT, Chitralada, Stirling e outras cepas de cultivo obtidas de diferentes origens no Brasil e América do Norte, representando a maior parte da variabilidade da tilápia do Nilo no mundo
• Um total de 16 milhões de variantes identificadas após o mapeamento de leituras de 158 amostras ao genoma de referência da tilápia do Nilo (GCF001858045.2 O. niloticus UMD-NMBU)
• Após a filtragem, mais de 2 milhões de SNPs bialélicos investigados para inclusão na matriz
• Foram selecionados SNPs altamente polimórficos sem polimorfismos adjacentes.
• O conjunto final de SNPs teve uma distância média de 14 kbp nos 22 grupos de ligação e alta frequência de alelos, com apenas alguns tendo >5% de SNPs com uma frequência de alelos menor de 0,05