Axiom Eucalyptus Genotyping Array (Axiom Euc72K) é um componente da nossa Axiom Genotyping Solution, na qual o DNA genômico alvo é preparado e processado no instrumento multicanal GeneTitan. O processo automatizado inclui a hibridização do DNA genômico com este microarranjo de alto rendimento, seguido de coloração, lavagem, obtenção de imagens e saída de dados de genotipagem de SNP para análise posterior. A matriz de genotipagem Axiom Eucalyptus foi projetada em colaboração com os Drs. Dario Grattapaglia e Orzenil Bonfim Silva-Junior da EMBRAPA Recursos Genéticos e Biotecnologia no Brasil como parte da Eucalyptus SNP Array Initiative (ESAI). O objetivo da ESAI era fornecer à comunidade uma matriz melhorada de genotipagem de menor densidade com uma aplicabilidade mais ampla e um custo significativamente menor para a seleção genômica operacional.
Cat. No. 551134.
Conteúdo do Axiom Eucalyptus Genotyping Array (Axiom Euc72K):

• – Contém 72.000 SNPs.
• – Genomas de 240 árvores em 12 eucaliptos e uma espécie de Corymbia sequenciados com uma cobertura de 3,5 vezes ao nível de árvore individual para desenvolver uma coleção de 47 milhões de variantes de SNP brutas.
• – Dados complementares de sequenciamento do genoma completo para duas espécies de eucalipto subtropicais e Corymbia são utilizados para aumentar a cobertura de sequência e a representação para melhorar a descoberta de SNPs e seleção.
• – Dados da sequência do genoma de DNA do cloroplasto inteiros utilizados para derivar um subconjunto de SNPs de cpDNA.
• – Lista final de 1,3 milhão de SNPs selecionados para triagem com base na cobertura física do genoma de Eucalyptus grandis versão 2.0 e triados com 960 amostras cobrindo a grande maioria do germoplasma de eucalipto plantado em todo o mundo, incluindo 18 espécies de eucalipto e 4 de Corymbia.
• – A triagem resultou em um banco de dados de >780.000 SNPs validados para eucalipto e 30.000 para Corymbia.
• 72.000 SNPs selecionados para uma matriz de produção de alto rendimento com base na cobertura do genoma e no melhor compromisso para incluir o maior número de SNPs informativos para as espécies de eucalipto ‘Nove Grandes’ e as periféricas examinadas, enquanto se contemplam os SNPs para máxima portabilidade com a matriz de genotipagem de SNP de eucalipto anterior.